A Wimbledon FC-t 1889-ben alapították Londonban. 1977-ig amatőr, majd fél-profi volt a klub, ekkor jutottak fel a legalacsonyabb profi státusú ligába, az akkori negyedik vonalba.

Kilenc év alatt, 1986-ra jutottak fel az első osztályba, ahol egészen 2000-ig szerepeltek (így a Premier League egyik alapító csapatáról beszélhetünk).

Két évvel a feljutás után ért fel a csúcsra a klub, meglepetésre megnyerte az FA kupát 1988-ban.

Olyan játékosok voltak tagjai a csapatnak, mint Dave Beasant, Lawrie Sanchez, Dennis Wise, Terry Phelan, John Fashanu vagy azóta már remek karakterszínésszé lényegült Vinnie Jones. A kispadon a későbbi walesi szövetségi kapitány, Bobby Gould ült.

Hihetetlen volt ez a siker, igazi meglepetés, a semmiből jött csapat nyerte meg az FA kupát!

A sikerek mögött a libanoni származású elnök, Sam Hammam állt, aki a "Crazy Gang" jelzőre erősen rájátszott olyan húzásokkal, hogy például elefántot vitt a Selhurst Parkba, vagy egy tevét ígért Dean Holdsworthnek húsz bajnoki gól elérése után. Bobby Gould menedzser szerződésébe belevette, hogy negyvenöt perccel a meccskezdésig joga van változtatni a kezdőcsapaton (igen, az elnöknek)...

Hammam. Sokat köszönhet neki a klub, de ő okozta a pusztulását is. Előbb eladta a csapat régi stadionját, a Plough Lane-t, ekkor a Selhurst Parkba költöztek társbérletben a Crystal Palace-al (miután a Charlton kiköltözött onnan), majd jött az ötlet: hagyja el Londont a gárda. Először felmerült Cardiff, majd Milton Keynes, mint lehetséges célállomás.

Ez persze nem tetszett a szurkolóknak, miután az FA engedélyezte a költözést, 2002-ben megalapították saját klubjukat, az AFC Wimbledon-t.

Az új csapat válogatót tartott, a semmiből alakították ki az új keretet, nagy segítség volt, hogy mindnyájunk kedvenc menedzserjátékának fejlesztője, a Sporst Interacive melléjük állt (a mai napig ők a főszponzorok).

A pályájuk a Kingsmeadow (4,850 férőhely, 2,265 ülőhely, 4000 körüli átlagnézőszám), Londonban van természetesen, közel a régi stadionhoz, a Plough Lane-hez. A stadion 1989-ban nyílt meg, a Kingstonian FC otthonának szánták (az amatőr csapat ma is ott rendezi bajnokijait), de az AFC lett az 'igazi' tulaj.

Az újonnan alakult klub a kilencedik ligában indult hódító útjára. Gyorsan ment a feljebbjutás, olyannyira, hogy például 2003 februárja és 2004 decembere között 78 bajnokin maradt veretlen a gárda. Ez megdönthetetlen rekordnak tűnik az angol foci világában.

A Wimbledon FC közben Milton Keynes-be költözött. Hammam eladta a csapatot egy norvég befektetői csoportnak 30 millió fontért (anno ő negyvenezret fizetett érte..). A klub címert váltott, majd nevet is. 2004-ben kiestek a harmadik vonalba, de ott már mint Milton Keynes Dons FC indultak el.

Az MK Dons csak 2015-ben jutott vissza a második vonalba (de volt, hogy ki is estek a negyedik ligába), jelenleg igyekeznek nem kiesni.

A csapat nehezen vert gyökeret Milton Keynes-ben, az első években a National Hockey Stadionban nem volt túl magas a nézőszám (5000 körül), ez akkor emelkedett meg, mikor 2007-ben megépült az új pálya, a Stadium:mk. A 30.500 férőhelyes stadionban 10.000 körüli az átlagnézőszám, a legtöbben 2014 agusztusában váltottak jegyet MK Dons meccsre (26.969), a van Gaal éra (egyik) mélypontjának ennyien voltak élőben a tanúi.

Az MK a Wimbledon FC jogutódja, de nem tartják magukat a '88-as csapat örökösének,  Vinnie Jones is az AFC-nek ajándékozta aranyérmét.

Az AFC Wimbledon közben szépen lépdelt felfelé, és 2011 májusában (a Wembleyben tartott Bl döntő miatt) a manchesteri Etihad stadionban rendezett play-off meccsen, a Luton Town gárdájával szemben kiharcolták a feljutást a negyedosztályba!